（批准时间：2010年 批准部门：科技部 主任：孙野青）
2004年在交通运输部和教育部“211”工程专项支持下，建立了环境系统生物学研究所。2006年获批辽宁省重点实验室。本研究所的研究定位是：围绕环境对健康和生态影响的问题，以最前沿的“生命过程中的定量研究和系统整合”为研究理念，以揭示物理（航天）和化学（海洋污染）环境下的生物学效应机制为研究领域，以系统生物学的全新角度，全面评估环境中的有害因素和生物学变化的分子机制。为空间防护和海洋污染的预警、预测和预防提供理论基础；为开发功能基因资源和生物修复材料提供理论支撑；以学科发展与学科建设为出发点，建立集研究、技术开发为一体的交叉性研究队伍、平台和人才培养的体系。
2010年10月获批科技部国家级海湾生态国际科技合作基地。本基地在已有学科定位的基础上，进一步围绕海湾生态评估和修复技术领域，建立了船舶防污染治理、生态环境管理与规划、实施现场自动化监测和生态损伤监测风险评估为一体的研究平台。该平台长期与国际持久性有毒物物质联合中心等合作，共同打造了围绕环渤海地区的集海湾生态环境监测、评估和预警为一体的国际化研究团队。该团队目前有二级教授3人，正高5人，副高及研究骨干青年教师10人的研究队伍。
基地自成立以来，承担国家科技支撑项目、科技部重大专项、国家自然科学基金及省市级项目等共计十余项。发表论文60余篇。其中代表性研究项目是于2012年底超额完成的科技部支撑计划《典型河口污染水域生态修复技术及示范》2010BAC68B0课题。其中关于河口污染分析和河口湿地退化的诊断技术，是本基地承担完成。
该基地目前拥有高通量的基因组，蛋白质组分析系统，细胞分子生物学分析系统和可以培养各种模式生物材料的培养设施，如人工气候室、植物温室、海洋生物实验室、标准动物房、斑马鱼饲养系统等。相关设备192台套，拥有价值30万元以上大型仪器。如：多功能成像系统、遗传分析系统、流式细胞仪、蛋白纯化系统、高效液相色谱系统、实施荧光定量基因检测系统、紫外/荧光酶标仪、荧光倒置显微镜、气相色谱-质谱连用仪、气相色谱仪、液质谱连用仪等。
